В подтверждение слов Воробьева хочу привести следующее. Сейчас у биологов накопилась масса данных для различных последовательностей, ДНК, РНК и белков. Для целого ряда организмов имеются полные геномы и полные наборы белков. Есть программы, способные сравнивать различные последовательности.
Так вот, возьмем какой-либо белок человека, в данном случае я взял аполипопротеин Е (АпоЕ-Чел). Далее мы берем набор белков для другого млекопитающего и ищем в нем самый похожий на АпоЕ-Чел белок. Находим. Допустим, искали мы в мыши. Назовем найденный белок АпоЕ-Мышь. Далее проведем такой тест - найдем среди всех человеческих белков самый похожий на АпоЕ-Мышь. Если этим самым похожим и будет наш АпоЕ-Чел, то будем считать, что АпоЕ-Чел и АпоЕ-Мышь - это один и тот же белок, но в разных организмах. Студентам я привожу такую аналогию: и у человека, и у мыши есть передняя конечность. Они отличаются друг от друга, но мы можем с уверенностью утверждать, что это именно передняя конечность, а не ребро, не глаз, и даже не задняя конечность.
Проделаем эту процедуру для всех млекопитающих, для которых есть полные наборы белков и в итоге получим АпоЕ у нескольких млекопитающих. Далее мы можем сравнить последовательности этих белков и на основе их сходства построить филогенетическое дерево, которое этот уровень сходства будет отображать.
Вот какое дерево я получил для АпоЕ

Как видите, больше всего на человека похоже шимпанзе, на мышь - крыса, на свинью - корова. Опоссум сидит отдельно от плацентарных, а утконос - вообще отдельно от всех. Так что данные сравнительной геномики соответствуют представлениям палеонтологов.
Можно на дерево добавить еще зебровую амадину, данио рерио и курицу - для них тоже есть полные наборы белков.

Прошу заметить, что и поиск похожих белков, и и построение дерева осуществляет программа, которая ничего об эволюции не знает. И в отличие от деревьев, которые рисуют от руки паленотологи и зоологи (никого не хочу обидеть, просто констатирую факт) личное мнение исследователя никак не влияет на построение дерева.

Ravcheyev, может быть, мой вопрос Вам покажется наивным. А при построении филогенетических деревьев для бактерий тот же подход используется? И вообще как часто для бактерий строят филогенетические деревья?